堆肥發酵后的牛糞實現了無害化和穩定化處理，達到了作為有機肥資源化利用的基本條件，但還沒有達到進入市場商品化銷售的程度，其應用效果和使用范圍尚有局限，因此將堆肥物料通過后續的制肥工藝，進一步加工成為具有商品性質的粉狀，或顆粒狀的有機肥和有機無機復混肥等產品。
國內外在有機肥生產和應用方式上有較大不同，國外通常的做法是利用專用撒肥車將堆肥直接撒施到種植地塊，原因是農場自身附屬有堆肥場所和大面積的種植地，可以實現種養物料的小范圍的自我循環。
我國國情則不一樣，絕大部分的牛糞堆肥加工廠是獨立運營的，沒有自身的種植地塊，有的還獨立于奶牛場，往往產品銷售半徑幾十到幾百千米不等，有的遠，這就要求有機肥產品須具有耐儲存、易運輸的特點，達到市場商品流通儲運的要求。
由于堆肥產品總體養分偏低，只能作一部分底肥使用，與現有的農藝種植習慣和作物需肥特性存在差異。所以在有機肥加入一部分磷鉀化肥制成有機無機復混肥。
有機無機復混肥具有雙重特性，即具有有機肥肥效長、改良土壤、活化土壤中有機養分的特點，又具有無機肥養分高、肥效快的特點，優勢互補，彌補了各自缺陷。
牛糞有機肥產品可以支撐顆粒狀，也可以制成粉狀，這取決于市場需求，為了均衡養分，適合運輸和儲存，建議將有機肥加工成顆粒狀產品，顆粒形狀有圓柱狀，圓球狀。
牛糞顆粒有機肥成品顆粒含水率要求為：有機肥≤20%，有機無機復混肥≤10%。 有機肥加工工藝主要包括粉碎、配料、混合、制粒、烘干、冷卻、篩分和打包等環節。單條生產線設備生產能力以1～10t/h為宜，過小則達不到經濟規模，過大則增加原料和成品運儲難度。