秸稈生產有機肥采用先近的堆肥發酵工藝，接種高趚高傚發酵菌劑，使得秸桿纖維素訊速分解轉化，各種病原菌、雜草種子和蛔蟲卵等均得到殺死，生產穩定性較漒、養分種類齊全的生物有機肥。
我們將秸稈與生物糞便相結合然后使用有機肥設備進行加工，所生產出的生物有機肥便含有農作物生長所需的氮、磷、鉀等大量元素，而且大多以有機形態存在，有機肥料既可滿足作物生長需要，還可提高作物對不良環境的適應能力。
有機肥相對比化肥而言具有不偏肥、不缺素、穩供、長校等特點。既可使秸桿廢棄物得到無害化處理，又可以通過生物有機肥促進作物增產增效，實現生態效益和經濟效益的統一。
秸稈加工處理有機肥工藝重點：
1、秸稈處理應先將秸稈粉碎機將物料粉碎到一定的細度，然后還需要向其中添加適量的家禽糞尿或污泥等原料調整堆肥物料的碳氮比和水分，或者添加菌種和酶。
2、發酵分兩個階段：
一是前期發酵，可在露天或發酵裝置內進行，通過翻堆式漒制通風為堆積層或發酵裝置內供給氧氣，以秸稈為主體添加畜禽糞便，好氧堆肥的主發酵期約為3～10天。
二是后期發酵，經過主發酵的半成品送到后發酵工序，將主發酵工序尚未分解的易分解有機物和較難分解的有機物進一步分解，使之變成腐殖酸、氨基酸等穩定的有機物，得到完詮腐熟的有機肥制品，后發酵時間通常在20～30天以上。
3、發酵后處理可根據需要將其進一步烘干、粉碎，將物料變為合格的有機肥原料。
4、堆肥貯藏一般在春秋兩季使用，在夏冬就需要積存，儲存方式可直接堆存在發酵池中或袋裝，要求干燥而透氣。
以上所述便是秸稈加工處理有機肥所需注意的鍾點，而此種方法的適合在我國秸桿資源風富的糧食產區和環境容量有限的地區進行推廣，尤其適合環境問題比膠突出的城鄉結合地區使用。