在有機肥發酵中，好氧好酵是重要的，嚴格的發酵過程中，透氣性的好與壞直接影響到厭氧菌或好氧菌的繁殖，有機肥好氧發酵中常見的問題。
（圖：有機肥好氧發酵過程）
好氧發酵溫度高，厭氧發酵溫度低；進入的空氣越多，溫度越高，反之溫度越低；空氣越多時，微生物繁殖越多，反之繁殖越少；菌體蛋白并非一定比植物蛋白好等等；由此再引申出以下結論：
有機肥好氧發酵中常見的問題
1、以喂養動物為目的的發酵糟渣發酵中，應該盡量用厭氧發酵法（盡量壓實壓緊密封好），以避免產生高溫高熱的現象，以免損耗消化能代謝能，以及損失維生素等；
2、有機肥好氧發酵中常見的問題在發酵制作堆肥，以制作肥料為目的的發酵中，才需要采用好氧發酵，產生大量的熱量和溫度，來消耗掉物料中的能量，以免將來做肥料時，造成燒根；
3、越是疏松的發酵物料如（啤酒糟、統糠、麥麩米糠、帶殼的酒糟、秸稈……），越容易在物料內部藏有空氣，越容易發酵產熱，發酵溫度也較高，對于這些物料，須用力壓實壓緊（作有機肥除外）；
4、雞糞本身含非蛋白氮比較多，真蛋白率比較少，所以，相對其他糟渣的發酵來講，需要一定的好氧發酵，目的是適當繁殖微生物菌體，讓微生物來同化非蛋白氮，成為菌體蛋白，提高真蛋白率。
5、有機肥好氧發酵中常見的問題，如果一直有空氣源源不斷地進入物料中，進行持續的好氧發酵，則最終會把物料中所有的可利用的能量消耗殆盡，這對于做肥料來說是可以的（不會燒根），但對于發酵的目的是為了喂動物作飼料來說，則是災難性的（能量是動物重要的營養之一），是不好的。